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国家工程研究中心是国家创新体系的重要组成部分,是由国家发展和改革委员会根据建设创新型国家和产业结构优化升级的重大战略需求，以提高自主创新能力、增强产业核心竞争能力和发展后劲为目标，组织具有较强研究开发和综合实力的高校、科研机构和企业等建设的研究开发实体。截至2019年2月，我院共有国家工程研究中心11家。  
序号国家工程研究中心名称依托单位
1机器人技术国家工程研究中心沈阳自动化研究所
2高档数控国家工程研究中心沈阳计算技术研究所
3精细石油化工中间体国家工程研究中心兰州化学物理研究所
4膜技术国家工程研究中心大连化学物理研究所
5工程塑料国家工程研究中心海尔科化工程塑料国家工程研究中心有限公司
6基础软件国家工程研究中心软件研究所
7信息安全共性技术国家工程研究中心软件研究所
8光电子器件国家工程研究中心半导体研究所
9高性能均质合金国家工程研究中心金属研究所
10手性药物国家工程研究中心成都有机化学有限公司
11燃料电池及氢源技术国家工程研究中心大连化学物理研究所